Si consiglia di sostituire l'acqua filtrata con il sistema Berkey® dopo tre giorni, se non è stata consumata. Se l'acqua è in un ambiente freddo, la durata può essere estesa a una settimana. È un principio di precauzione. La ragione è che quando si filtra l'acqua, le sostanze chimiche che inibiscono la crescita dei batteri vengono eliminati. In ambienti molto umidi, lo sviluppo di batteri può avvenire più rapidamente.